台南市自17世紀，歷經荷蘭統治、明鄭時期、清治時期，為島內首府達300餘年。
荷蘭統治的遺跡已所剩無幾。這是普羅民遮城的稜堡殘蹟。
在17世紀荷蘭人到來之前，台南是原住民西拉雅族的生活領域。荷蘭人在大員建立熱蘭遮城(今安平古堡)，作為全島統治中心。在今赤崁樓興建普羅民遮城，並規畫市街。往後台南市即承襲此脈胳發展。
在普羅民遮城原址上興建的赤崁樓。
1661年，鄭成功戰勝荷人，將赤崁改稱「東都明京」。全島設立一府二縣，開啟了東寧王朝時代。
1684年，明鄭滅亡。在首任巡撫劉銘傳將省會遷往台北之前，台南一直是全台首府。乾嘉年間，是台南的黃金時期。清代後期至日治中期，安平港淤塞，航運功能不再，使台南漸失海運地位。1875年，清政府在北部增置台北府，台南由全島中心成為區域中心。
日治時期建造的臺南武德殿，現為忠義國小禮堂。
1895年，台、澎割予日本。5月，台灣民主國在臺北成立；6月下旬，義勇軍在台南擁立劉永福為第二任大總統，以台南為都，設總統府於大天后宮。10月下旬兵敗陷落。
在日本施政下，開通台南至打狗間鐵道、成立公家機關、開通台南運河、改建台南驛，使台南有了現代化都市的雛形。
二戰期間，遭盟軍炸燬的「台南州廳」。
台南市在二戰期間，市區受到極大破壞，燒燬部分史蹟與公共建築。戰後，改台南州為臺南縣。 2010年12月25日，原台南市、縣合併改制為直轄市。
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